Mərhum jurnalist 2005-ci il martın 2-də yaşadığı evin qarşısında tapançadan atılan 7 atəş nəticəsində qətlə yetirilib. İstintaq orqanları jurnalisti Gürcüstan vətəndaşları olan azərbaycanlılar Teymuraz Əliyev və Tahir Xubanovun qətlə yetirdiyini ehtimal edirlər. 

2006-cı il avqustun 14-də isə cinayətkar qrupa başçılıq etdiyini deyən Azərbaycan Daxili İşlər Nazirliyinin Cinayət-Axtarış İdarəsinin keçmiş əməkdaşı Hacı Məmmədov Ağır Cinayətlərə dair işlər üzrə Məhkəmədə Elmar Hüseynovu onun dəstəsinin öldürdüyünü bildirib. Lakin Hacı Məmmədovun dedikləri istintaqda təsdiqini tapmayıb.

Azərbaycan hüquq-mühafizə orqanları E.Hüseynovun ölümündən keçən 10 il ərzində hər iki Gürcüstan vətəndaşının istintaqa təhvil verilməsinə nail ola bilməyib. Mərhum jurnalistin ölümündən 1 il sonra həyat yoldaşı Ruşaniyə Hüseynova oğlu Aslanla birgə Norveçə mühacirət edib.//Modern.az