По данным источника газеты во власти, Айрапетов был уволен со службы в связи с открытием дела по убийству Погоса Погосяна в кафе "Арагаст" в 2001 году. Источник утверждает, что Айрапетову предложили дать показания по этому делу, "вспомнить" и сказать, что Роберт Кочарян дал указание избить Погосяна. Однако Айрапетов отказался, заявив, что не может дать такого показания, так как оно не соответствует действительности. В ответ ему напомнили, что новые власти хорошо отнеслись к нему, повысили в должности и дали звание генерала.